Наметил локальный вариант, но пока не уверен что он приоритетен..

src/TestingSystem/DVM/UserConnection.java

@@ -468,11 +468,10 @@ public class UserConnection {
     }
     public void waitForFileCreation(RemoteFile file) throws Exception {
         while (!Exists(file)){
-            System.out.println(file.name +" NOT FOUND");
+            System.out.println(file.full_name +" NOT FOUND");
             Utils.sleep(1000);
         }
     }
-    //возможно в дальнейшем обобщить чтобы вместо PID был файл вывода с задаваемым именем?
     public String startShellProcess(RemoteFile directory, String outFileName, String... commands) throws Exception {
         Vector<String> commands_ = new Vector<>();
         commands_.add("cd " + Utils.DQuotes(directory.full_name));
@@ -490,8 +489,11 @@ public class UserConnection {
         String start_command = Utils.DQuotes(script_file.full_name);
         //--
         RemoteFile outFile = new RemoteFile(directory, outFileName);
+        if (Exists(outFile))
+        sftpChannel.rm(outFile.full_name);
         ShellConnect();
         pin.write(("nohup " + start_command + " &\r\n").getBytes());
+
         waitForFileCreation(outFile);
         ShellDisconnect();
         return readFromFile(outFile).replace("\n","").replace("\r","");